Sommarens Studier i Molekylärbiologi Del 4

Nu kursen Laborativ bioteknik för lärare: CSI Göteborg, slut. Tur för mig att jag en gång i tiden valde att läsa naturvetenskap så att jag nu får möjlighet att delta i sådana här kurser. Att laborera i molekylärbiologi är bland det roligaste som finns.

Utsikten från frukostbordet

Nedan listar jag upp några av de laborationer vi gjorde i former av bilder och bildtext. De som ledde laborationerna var två mycket proffsiga men också roliga engelsmän från National Centre for Biotechnology Education, University of Reading och på deras hemsida kan man finna instruktioner till laborationerna.

.

Vi gjorde gelébollar av grönalger och natriumalginat

På dessa fick vi sedan testa fotosyntesen med egen metod

Genom att använda en indikatorlösning och mäta pH kunde vi dra slutsatser om fotosyntesen.

 Experimentet med fotosyntesen ovan var bra därför att det var enkelt, roligt och öppet.

Vi ritade med datorns hjälp ett evolutionärt träd som visade släktskap mellan mammut, afrikansk elefant och asiatisk elefant

Bioinformatik användes som metod. Vi lät datorn jämföra sekvenser i de olika djurens mitokondrieDNA

Ovanstående var en bra laboration därför att det handlar om en inom forskning aktuell och modern metod. Extra fascinerande var att man enkelt kunde lägga till en geologisk tidsskala till det färdiga trädet, något jag länge saknat i undervisningen.

Vi fick i uppdrag att hitta billigaste och bästa metoden att utvinna glukos och prebiotiskt avfall

Vi fick välja metod själv och till vår hjälp hade vi ett antal olika enzym.

Vi räknade också på vad olika moment i metoden kostade och tog med dessa beräkningar i vår rapport.

Laborationen skulle passa bra som projektarbete/gymnasiearbete på naturprogrammet då den innehöll många frihetsgrader, komplicerad biokemi samt en hel del beräkningar, både i kemi och matematik.

Vi tog små, millimeterstora bitar av blomkål, steriliserade dessa och placerade dem i burkar med odlingsmedium

Det blir en cellkultur och efter några veckor ser man resultatet. Så här ser min burk ut just nu.

Blomkålslaborationen var intressant eftersom metoden var mycket enklare än tidigare beskrivna laborationer med cellkulturer.

Andra laborationer som vi gjorde var transformering, PCR, CSI-lab, flera enzymlabbar, bränsleceller och mikropipettövningar. Förutom laborationerna hade vi också andra trevliga aktiviteter såsom en tur ut med båt ut på Gullmarsfjorden ostprovning, chokladprovning och föreläsningar.

En middag var i form av quorn-gryta och i samband med det fick vi lära oss vad quorn är och hur det tillverkas, det visste jag inte mycket om tidigare.

Det enda som var irriterande på kursen var att vi ombads att inte ha datorn igång under föreläsningen med argumentet att vi skulle ha ett "här och nu"-fokus och inte till exempel "kolla mail". Det var länge sedan jag hörde något liknande och blev helt perplex. Varför skulle jag, när jag själv sökt till kursen på mitt lediga sommarlov samt att det handlar om ett av mina stora intressen i livet "kolla mail" under föreläsningen bara för att jag har datorn igång? Det jag gör är att jag antecknar samt ibland slår upp ord som jag inte förstår. Ja, ja, inget att reta upp sig på men ibland undrar man..

Godisbitar som skulle symbolisera de fyra olika baserna i DNA

PCR-maskin

En grapefrukt som är skalad med enzymet pektinas

Nedan mina anteckningar från kurslitteraturen.

Sommarens Studier i Molekylärbiologi Del 3

Nu är jag här på västkusten på Sven Lovén center. Schemat är fullt av laborationer från tidigt på morgonen till sent på kvällen så tyvärr finns knappt någon tid för dokumentation i form av blogginlägg men här kommer lite bildbevis. Jag återkommer så fort jag får tid med vad det är vi gör.

Sommarens Studier i Molekylärbiologi Del 2

Ja, så här kan det se ut i en av mina kursböcker, ett tröttsam text att ta sig igenom på grund av alla namn på olika protein. Namnen är för mig inte så intressant eftersom glömmer dem direkt då jag ju inte sysslar med det här ämnet på heltid. Det roliga är ju istället berättelser som sätter molekylerna i ett större sammanhang, till exempel:

• Hur uppstod livet?
• Hur lever man frisk så länge som möjligt?

För att kunna sätta sig in i hur långt forskningen har kommit i dessa två frågor så måste man sätta sig in i hur DNA, RNA, protein, enzym,  transkription och translation och mycket mera fungerar.

Experiment visade redan på 50-talet att aminosyror, byggstenarna för protein kan bildas spontant ur en gasblandning av enkla ämnen som ammoniak, väte, vatten och koldioxid. 

By GYassineMrabetTalk✉         This vector image was created with Inkscape.    ✓ The source code of this SVG is valid. (Own work from Image:MUexperiment.png.) [GFDL (http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html) or CC-BY-SA-3.0-2.5-2.0-1.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0)], via Wikimedia Commons

Men sedan måste ju många aminosyror sättas samman för att ett funktionellt protein ska kunna bildas. Här behövs DNA som mall. Men DNA-koden behöver protein för att läsas av. Hur bildas dessa protein? På samma sätt som alla protein, med DNA som mall. Men DNA-mallen behöver ju proteiner för att läsas. Och så vidare, det går runt i cirkel.

Det gröna föreställer ett protein som hjälper gör avläsningen av DNA möjlig

I ett avsnitt av vetenskapens värld nu i veckan, visade kemisten John Sutherland hur byggstenarna för RNA kan bildas ur "enkla kemikalier" (typiskt vetenskapens värld att inte gå in på vilka kemikalier det var exakt), vatten och UV-ljus.

Men även om byggstenarna för RNA (som kan vara självkopierande) kan uppstå ganska enkelt så är det inte liv. Liv ska ha ett membran och egen ämnesomsättning såsom en cell. Forskare försöker att återskapa en cell såsom den första cellen kan ha uppstått men har inte lyckats med det.

När exempel våra hudceller delas så kopieras DNA så att den nya cellen också får samma arvsmassa. Vid kopieringen så blir det problem med ändarna, de så kallade telomererna på DNA-molekylerna. De blir lite kortare för varje gång. Elisabeth Blackburn med flera, fick nobelpriset 2009 för detta. För att förstå varför måste man sätta sig in i hur DNA-molekylen är uppbyggd och på vilket sätt den kopieras.  Att telomererna blir kortare spelar ingen roll eftersom detta DNA inte formar några gener, alltså är det inte viktigt på det sätt att det kodar för något protein. Man har frågat sig om en orsak till åldrande kan vara att telomererna, skyddet för det viktiga DNA, till slut försvinner. Det finns ett bot för förtkortningen av telomererna, ett enzym som heter telomeras som finns i hög koncentration i celler som ska dela sig många gånger i kroppen såsom stamceller i embryon. 

Kan man då köpa detta telomeras på flaska för att hålla sig ung? Javisst kan man det, visar en googling, TelomerancePlus, made in USA.

Bevis för att detta skulle vara nyttigt är dock svårare att finna.

Något som också går att köpa på flaska för att pigga upp sig och må bättre är syre. Men syre kan bilda fria radikaler som skadar DNA så tveksamt om det är bra att ta för vana att andas in i höga doser. Fria radikaler är skadligt för vårt DNA men också skadligt för mikroorganismer som angriper kroppen så därför behöver vi dem i viss grad. 

Skadorna på det egna DNA:t skyddas bland annat genom ett antal enzym som finns i cellen och skyddar mot fria radikaler. Också dessa enzym finns att köpa som kosttillskott.

Bland annat kan man inhandla en burk katalas. 

Eftersom mina elever, i en laboration brukar visa att enzymet katalas återfinns och är aktivt i varierande koncentration i alla möjliga livsmedel som kött, ärtor, bönor med mera så kanske man lika gärna kan äta dessa livsmedel istället.
Men sedan brukar jag även lära ut att protein (till exempel enzymer) vi äter bryts ned i matsmältningen till sina beståndsdelar, aminosyror innan de förs med blodet till cellerna där de kan användas för att bygga nya olika sorters protein eller förbrännas för att få energi till andra processer så därför tycker jag att det verkar märkligt att ta katalas eller telomeras som kosttillskott. Det är svårt att hitta information om det här för att fördjupa sig för om man googlar på enzym, kosttillskott så kommer det mest upp träffar från dem som vill sälja sina produkter.

Jag ska ställa frågor om bland annat detta, till mina lärare på kursen om drygt en vecka.

Sommarens Studier i Molekylärbiologi Del 1

Liksom förra och förrförra året kombinerar jag semestern med lite studier. Förra sommaren var det ju floristik som gällde vilket medförde många lyxiga dagar i fält i trevlig miljö.

Sommaren 2011 studerade jag ju Gräs i form av en folkhögskolekurs, vilket även det innebar fina dagar i vacker natur.

I år är det molekylärbiologi som gäller men i en form som medför att jag kommer att få tillbringa dagar vid havet. Kursen jag läser i år heter Laborativ Bioteknikkurs för Lärare och dagarna jag nu ser fram emot kommer att äga rum vid Gullmarsfjorden.

By Bengt Nyman (Flickr: VårvikPanoramaNorr-p) [CC-BY-2.0 (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0)], via Wikimedia Commons

Det lilla kruxet med att som jag gör, semestra i form av universitetsstudier, är ju att det ingår viss korvstoppning. Två böcker ska läsas innan det är dags för det praktiska. Jag håller på med den första nu som heter Molekylärbiologi och är skriven av Henrik Brändén. Göteborgs Universitet har skickat med en lista med 95 stycken instuderingsfrågor till boken som ska besvaras. Jag har försökt att göra läsningen rolig på olika sätt men nej, det är verkligen tråkigt att läsa den där boken  även om området ju egentligen är det som jag tycker är mest spännande inom biologi idag och trots att jag redan kan grunderna.
Dessutom, fastän att det är upplaga 3 så innehåller den några språkfel som jag stör mig på.

Igår gav jag upp och tittade istället på en intressant dokumentär DNA: The Secret of Life producerad av PBS. Jag måste erkänna att jag inte kunde speciellt mycket om James Watson. Jag visste inte ens att han fortfarande vid liv. Han nämns ju alltid tillsammans med Crick som den som upptäckte DNA-strukturen på femtiotalet. I det sambandet brukar också Rosalind Franklin nämnas, kvinnan som aldrig fick någon credit för det arbete som ledde fram till Watson och Cricks upptäckt. Nu när jag sett dokumentären vet jag att Watson fortfarande är vid liv och i högsta grad aktiv inom genteknikens område. Det var han som fick loss de miljarder som behövdes för kartläggningen av det mänskliga DNA:t för tio år sedan. Han är också en figur som har ganska radikala åsikter och inte verkar se speciellt mycket gränser när det gäller den nya teknikens användning och stöttar till exempel företaget Monsantos utveckling av GMO-grödor.  I dokumentären får man veta att en av hans söner lider av psykisk sjukdom vilket säkert driver på hans iver att kartlägga och förstå det mänskliga genomet.

Men i dokumentären går man inte närmare in på själva molekylärbiologin. Istället har jag hittat en hemsida som heter Virtual Cell Animation Collection. Här visar man med film, text och bild begreppen inom molekylärbiologi. Min tanke är nu att starta med dessa förklaringar och sedan fördjupa mig med hjälp av Wikipedia för att till sist sammanställa allt i form av en begreppskarta. Jag hoppas på detta sätt kunna få in alla begrepp och förkortningar i ett intressant och överskådligt sammanhang.

Diverse deppiga detaljer

By Corazón.svg: User:Fibonacci derivative work: InverseHypercube (Corazón.svg) [CC-BY-SA-3.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/) or GFDL (http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html)], via Wikimedia Commons

Tillvaron är i det närmaste idyllisk just för tillfället. För det första är det underbart väder och sedan det här med att äga tiden, kunna sova ut på morgonen, att slippa stressa. Men mitt i paradiset, lite sorliga detaljer.

Google stängde ned Google Reader igår efter 8 år. Hemskt. Tillsammans med denna blogg och twitter så var det mitt digitala favoritverktyg, ett verktyg som jag använde dagligen. Genom Google Reader höll jag mig uppdaterad och fick skräddarsyddda nyheter om mina intressen så fort jag öppnade min webbläsare. Det sägs att Feedly ska ersätta men det är inte alls samma sak! Det är inte bara jag som är ledsen över att Google Reader stängts ned, många bloggar och kommenterar om saken och tycker liksom jag, att det är en stor förlust.

En annan störande detalj i sommarlovet är mitt bidrag till den förstärkta växthuseffekten den senaste tiden. Jag har ju, som trogna bloggläsare vet, nyss varit i Texas på en konferens och lite semester. En mycket trevlig resa men inte så klimatsmart. 

Illustration av Tobias Flygar

Ett av Sveriges miljömål är begränsad klimatpåverkan.En siffra på runt två ton koldioxid per person nämns på flera sällen som en hållbar nivå att sträva efter innan 2050 ( i dagsläget ligger den runt 6 ton per person och år i Sverige).

Här kan man enkelt beräkna koldioxidutsläppen per person och flygtur.

Min flygning till Chicago tur och retur bidrog med ungefär 886 kg enligt den beräkningen, eller 0,886 ton.

Men, sedan körde vi också bil genom USA ungefär 400 mil och inte med någon miljöbil heller. Vad en bilresa bidrar med kan beräknas här.

Bilresan gav alltså ungefär 0,922 ton koldioxid men eftersom vi var två i bilen så kanske det ska delas på hälften = 0,461 ton. Sammanlagt så gav min flygresa och bilresa drygt 1,3 ton koldioxidsläpp, alltså nära 70% av ett hållbart årligt utsläpp.

På tal om bilkörning, jag kör ju även bil sex mil till och från jobbet nästan varje dag men försöker att hitta ett bra alternativ, särskilt också eftersom personalparkeringarna vid Stockholms Stads skolor kommer att bli allmänna betalparkeringar från och med i höst. Att cykla 15 km och sedan ta tåget har jag försökt men gett upp. Kanske skulle det fungera bättre med en elcykel vilket jag gärna skulle äga en.

Av Michi2873 (Eget arbete) [GFDL (http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html) eller CC-BY-SA-3.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0)], via Wikimedia Commons

Ett annat alternativ vore ju att hitta ett jobb närmare hem. Dock är det inte så att det svämmar över av lediga tjänster trots att media har talat om lärarbrist och pensionsavgångar nu i flera år. Eller så är det bara jag som inte ser dem.

Nu nog bloggat om deppiga detaljer och dags för kaffe ute i mysiga växthuset.

By Jochen Gros (Own work http://movicons.com) [CC-BY-SA-2.5 (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/2.5)], via Wikimedia Commons

Eget foto

Eget foto